Muchas veces que he usado rm desde algun terminal, cruzo los dedos para que sea el archivo o directorio correto, pero este truco lo encontre en google:

editamos $HOME/.bashrc 

agregamos al final del archivo:

alias rm=’mv –target-directory=$HOME/.trash $1′

creamos el directorio  $HOME/.trash

y ahora cada vez que usemos el comando rm estaremos mandado todo a la carpeta .trash